Dat dubbele molenrecht van de heer gaf dikwijls aanleiding tot nogal wat heibel en processen -tot in de Raad van Vlaanderen!- tussen de graaf en de plaatselijke heer, of tussen heren onderling omdat er al ‘sinds onheuglijke tijden’ een overeenkomst of afspraak liep met de omwonenden. Het ging in dit geval meestal om abdijen die in hun heerlijkheden dat windrecht opeisten.
In Vlaanderen wilde de graaf dat molenrecht maximaal in eigen handen houden. Hij beschikte inderdaad over ettelijke ‘domaniale’ molens en dito inkomens. Die drang naar centralisatie was minder uitgesproken in Brabant en Limburg . Zoals de graven , de Bourgondiërs en de Habsburgers voor hem, behield ook Karel V zich dat recht voor. Hij verscherpte het bovendien nog omdat het zo’n interessante melkkoe was. Hij kwam namelijk erg hebberig uit de hoek en vaardigde een molenplakkaat uit waarin stond dat hij alleen octrooien kon geven.
Water en wind werden zijn hoogst persoonlijk bezit. Dat gaf behoorlijk wat gefoeter met de plaatselijke heren die allemaal voor schut stonden en die alle mogelijke formuleringen uitprobeerden om een uitzondering op dat plakkaat te verkrijgen. Knesselare kwam aanzetten met ‘rechten op vrije wind en maalderij’ , Koolskamp had het over de maalwind van het leen en Loppem verwees naar bestaande octrooien van wind- en waterrecht. Het mocht echter allemaal niet baten. Wel bleef dat gehakketak tussen de heren en tussen de heren en hun onderhorigen onverminderd aanhouden tijdens heel het Ancien Régime. Jozef II reikte de laatste windbrief uit, maar in die periode was er al geen sprake meer van ban- of dwangmolens.
In de steden lag het allemaal wel iets anders. Die hadden, zoals op velerlei andere gebieden, hun eigen regelingen voor het uitbaten van molens. Iedereen kon er zijn graan laten malen waar hij wenste; ophalen en weer thuis brengen waren er echter niet bij.
Zoals alle ambachten vormden ook de molenaars een zichzelf beschermende groep met een eigen opleiding. Na een leertijd van twee jaar, mits het slagen in de voorziene proeven en het voldoen aan de bijkomende voorwaarde dat je poorter was van de stad, kon je opklimmen tot meester-molenaar. Een erfrecht voorzag dat het bedrijf in de familie bleef. Te Brugge kon ook de weduwe het bedrijf verder uitbaten. Sommige molens bleven in “dode hand”, d.w.z. dat ze eigendom waren van instellingen of gemeenschappen. Die ‘rechtspersonen’ hadden het grote voordeel te ontsnappen aan de successierechten want verenigingen ‘sterven’ immers niet!
Eens dat de molenaar zijn gepacht ,of afgekocht windrecht op zak had, moest hij er natuurlijk ongehinderd over kunnen beschikken. Meestal gaf dat weinig problemen omdat molens per definitie op hoogten stonden: wallen, bestaande heuvels of opgeworpen terpen.
Anderzijds waren de boeren verplicht de houtgroei in stand te houden en konden er mettertijd vervelende bomen in de weg staan. Om dat te voorkomen bestonden er voorschriften over bomen in de omgeving van de molens.